新中国成立以前（公元前60年至1948年）

汉唐时期，今墨玉县境归于阗国统辖。汉神爵二年（前60），西汉王朝在西域设立西域都护府。于阗等三十六国都归属汉王朝。从此纳入祖国的版图，成为祖国不可分割的一部分。西汉元寿元年（前2），于阗王接受汉王朝印绶，下属官员由汉王朝授予官职，完善汉王朝在西域的统治。东汉时期，西域有55国，于阗仍为大国。到东汉中期，于阗国更加强大，相继吞并精绝、戎卢、渠勒、皮山、扜弥等国，从精绝至莎车十三国皆服从于阗。于阗国版图与今和田地区差不多。当时，今墨玉县境是于阗国最繁荣的地区之一。

魏晋南北朝时期，尽管于阗国也时常受到蠕蠕、柔然、吐谷浑、突厥的侵扰和短期统治，但于阗仍是塔里木盆地南部的大国。生产力不断发展，以城市为中心的农耕社会更加完善。于阗境内有大城五座、小城几十座。今墨玉县境为于阗西城所在地，是一大城。

唐高宗上元二年（675）春，高宗在于阗设毗沙都督府，分境为十州隶属于安西都护府。从而使于阗的行政建制与中原的行政建制一致，加强唐王朝对于阗的直接统治，由于于阗经济文化的迅速发展，于阗成为有名的西域四镇之一。玉龙喀什河、喀喇喀什河流域仍然是于阗最繁华的农商区，位于喀喇喀什河流域的今墨玉县境是毗沙都督府直接管辖地。

唐末至北宋前期，是于阗鼎盛的“大宝于阗国”时期，墨玉地域属“大宝于阗国”。

北宋景德三年（1006），喀喇汗王朝灭“大宝于阗国”，于阗国地域归喀喇汗王朝，今墨玉县境也归喀喇汗王朝。11世纪中期，喀喇汗王朝分裂为东西两部分，于阗地域属东喀喇汗王朝，今墨玉县境也属东喀喇汗王朝。宋嘉定五年（1212），东喀喇汗王朝灭亡，西辽王朝统治于阗，今墨玉县境属西辽王朝。宋嘉定十八年（1218），成吉思汗灭西辽。今墨玉县境在内的于阗各地尽属成吉思汗的蒙古帝国管辖。成吉思汗晚年将于阗等地分封给次子察合台，墨玉属察合台汗国管辖。

元至元八年（1271），忽必烈建立元朝，包括墨玉在内的于阗各地成为元朝直接管辖地。元至元十六年（1279），元朝在于阗建立宣慰司都元帅府，今墨玉县境属宣慰司都元帅府管辖。14世纪初，于阗又成为察合台汗国管辖地，今墨玉县境也属察合台汗国。

清统一新疆后，和阗属伊犁将军府管辖，墨玉地域亦属伊犁将军府管辖。乾隆二十四年（1759），清王朝在和阗设立办事大臣，墨玉属和阗办事大臣管辖。清乾隆二十七年（1762），喀什噶尔设参赞大臣，总理南疆八城，墨玉是和阗所属六城之一。清光绪八年至十年（1882～1884）于阗县曾设在喀拉喀什。光绪九年（1883），置和阗直隶州，墨玉地域属和阗直隶州管辖。

 民国2年（1913）改和阗直隶州为和阗县，今墨玉县属和阗县管辖。民国8年（1919）5月，成立墨玉县，县治喀喇喀什，属喀什噶尔观察使公署管辖，为三等县。民国9年（1920）1月11日，和阗设道，墨玉县属和阗道管辖。

民国13年（1924）7月，撤销和阗道，建立和阗区行政长制，墨玉县属和阗区行政长管辖。

民国17年（1928），国民政府改和阗行政长制为和阗区行政长公署，墨玉县属和阗区行政长官公署管辖。

民国18年（1928）1月23日，墨玉县升格为二等县。

民国32年（1943）7月1日改和阗行政长官公署为新疆省第七行政区，设行政督察专员公署，墨玉县属第七行政督察专员公署管辖。